இக்கோயிலில் வழிபாட்டு முறைகள் கேரள கலாச்சாரத்தை ஒத்துள்ளது. கொல்லங்கோடு ஸ்ரீபத்ரகாளி அம்மனுக்கு இரண்டு கோயில்கள் உள்ளன. ஒரே வழிபாட்டு முறை கொண்ட அம்மனுக்கு இங்கு மட்டுமே இரண்டு கோயில்கள் உள்ளது மற்றுமொரு சிறப்பாகும்.
கொல்லங்கோடு கண்ணனாகம் ஜங்ஷனில் இருந்து மேற்கு நோக்கி சுமார் 500 மீட்டருக்கு அப்பால் வட்டவிளையில் மூலகோயிலும், கண்ணனாகத்தில் இருந்து கிழக்கு நோக்கி 0.5 கி. மீட்டருக்கு அப்பால் வெங்கஞ்சியில் திருவிழா கோயிலும் அமைந்துள்ளது.
கொல்லங்கோடு கண்ணனாகம் ஜங்ஷனில் இருந்து மேற்கு நோக்கி சுமார் 500 மீட்டருக்கு அப்பால் வட்டவிளையில் மூலகோயிலும், கண்ணனாகத்தில் இருந்து கிழக்கு நோக்கி 0.5 கி. மீட்டருக்கு அப்பால் வெங்கஞ்சியில் திருவிழா கோயிலும் அமைந்துள்ளது.
ஒவ்வொரு வருடமும் பங்குனி பரணியை முன்னிட்டு 10 நாட்கள் நடக்கும் தூக்க திருவிழாவிற்காக அம்மன் மூலகோயிலில் இருந்து வெங்கஞ்சி திருவிழா கோயிலுக்கு எழுந்தருளுவார். இதேப்போன்று ஆண்டுதோறும் மகரவிளக்கை முன்னிட்டு 41 நாட்கள் நடக்கும் மண்டலகால சிறப்பு பூஜைக்கும் அம்மன் எழுந்தருளுவார். இந்த பூஜை இரண்டு ஆண்டிற்கு ஒருமுறை வெங்கஞ்சி திருவிழா கோயிலில் நடக்கிறது. ஏனைய நாட்கள் அம்மன் மூலகோயிலில் இருந்து பக்தர்களுக்கு அருள்பாலிப்பார். பச்சிளம் குழந்தைகளுக்கு தூக்க நேர்ச்சை நிறைவேற்றப்படுகிறது. அதுவும் கொல்லங்கோட்டில் மட்டுமே ஒரே நேரத்தில் நான்கு குழந்தைகளுக்கு தூக்க நேர்ச்சை நிறைவேற்றப்படுவது.
குழந்தை வரம் வேண்டுதல் செய்து, குழந்தை பெற்றவர்கள், தங்கள் குழந்தைகளை மூன்று வயதுக்குள் நேர்ச்சை கடனை செலுத்த, தூக்க மரத்தில் ஏற்றுகின்றனர். தூக்கக்காரர்கள் என,அழைக்கப்படும் பக்தர்கள், நேர்ச்சைக்கான குழந்தைகளை, கையில் தாங்கிய படி, 60 அடி உயர தூக்கமரத்தில் தொங்கிய படி, கோயிலை வலம் வருவர்.
இவ்வாறு, குழந்தைகளை ஏந்திய படி, தொங்கும், தூக்கக்காரர்களை, மருத்துவக்குழு பரிசோதனைக்கு பின், தேர்வு செய்கின்றனர். தேர்வு செய்யப்பட்டவர், ஆறு நாட்கள் கோயிலில் தங்கி, அங்கு கொடுக்கும் உணவு வகைகளை மட்டுமே, சாப்பிடுகின்றனர். இவர்கள், ஆறு நாட்களும் கடலில் குளித்து, ஈரத்துணியுடன் கோயிலை சுற்றிவந்து, தரையில் குப்புறப்படுத்து தேவியை வணங்குகின்றனர். இது நமஸ்காரம் என்று, அழைக்கப்படுகிறது.தேர் அமைப்பு கொண்ட தூக்க வண்டியில், நான்கு தூக்க வில்கள் அமைந்துள்ளன. இந்த நான்கு வில்களிலும், நான்கு தூக்கக்காரர்கள், துணியால் கட்டப்பட்டிருந்தனர். இவர்கள்,கைகளில் குழந்தைகள் கொடுக்கப்பட்டதும், தூக்கவில் வானை நோக்கி உயர்கிறது. இதை தொடர்ந்து, தூக்கதேர் பக்தர்களால் இழுக்கப்பட்டு கோயிலை வலம் வருகிறது. இந்த முறையில், குழந்தைகளுக்கு தூக்க நேர்ச்சை கழிக்கப்படுகிறது
இழுப்பு நோயுள்ளவர்கள் தூக்கத்தேரை இழுத்து குணமடைந்துள்ளனர்.